Организацијата на работата на Апелациониот суд Скопје е уредена согласно со Законот за судовите, Законот за судска служба и Судскиот деловник.
Законот за судовите поблиску ја определува надлежноста на апелационите судови, а со тоа и на Апелациониот суд Скопје и поконкретно со член 33 е предвидено дека апелационите судови се надлежни
- да решаваат по жалбите против одлуките на основните судови од своето подрачје,
- да решаваат за судир на надлежност меѓу судовите од прв степен од своето подрачје и
- да вршат други работи определени со закон.
Работата од својата надлежност утврдена со Уставот и законите, Апелациониот суд Скопје ја извршува преку совети од три и петмина судии.
Расправите во граѓанските спорови, како и во кривичните предмети се судат во совет составен од двајца судии и тројца судии поротници, а во постапките по предметите за деца советот е составен од еден судија и двајца судии поротници.
Согласно со Судскиот деловник објавен во (Сл.в. на РМ бр.66/13 од 9 мај 2013 и Сл.в. на РМ бр.114/14 од 31.07.2014 година) со чии одредби поблиску е уредена внатрешната организација на судот, начинот на работење, водењето на уписниците и другите книги, постапувањето со списите, обрасците, претставките и други прашања од значење за работата на судовите.
Со Програмата за работа на Апелациониот суд Скопје и Распоредот за работа на судските совети за 2023 година, утврдени се пет судски оддели. Поради одлив на судии кои го исполниле условот за старосна пензија и од причина што во меѓувреме не се пополнети испразнетите судиски места, од месец јуни 2023 година, во Апелациониот суд Скопје има четири судски оддели: Кривичен оддел, Граѓански оддел, Оддел за работни спорови и Оддел за судска практика.
Во Кривичниот оддел на судот, согласно со Распоредот за работа на судските совети за 2023 година, функционираат еден „КС“ совет, два „КЖ“ совети од по три члена, два „КЖ“ совети од по петмина членови, кои постапуваат по кривични предмети полнолетни, како и по кривични предмети од организиран криминал. Во одделот, исто така, функционира и еден „КЖМ“совет кој постапува по предмети во смисла на Законот за правда за децата и еден „ПРКЖ“ совет кој постапува по прекршочни предмети.
Во Граѓанскиот оддел на судот функционираат три „ГЖ“ совети, кои постапуваат по граѓански спорови и два „ТСЖ“ совети, кои постапуваат по трговски спорови. Во Одделот за работни спорови функционираат два „РОЖ“совети, кои постапуваат по предмети од работни односи.
Согласно со одредбите на член 3 и 92 став 2 од Законот за судовите на седница на судиите на Апелациониот суд Скопје се утврдува Програма за работа на Апелациониот суд Скопје за тековната година.
Согласно со одредбите на член 3, член 88 став 3, член 92 став 2 од Законот за судовите, како и член 112 од Судскиот деловник Претседателот на Судот по претходно прибавено мислење од седницата на судиите на судот утврдува распоред за работа на судот - на судиите по оддели и совети, а воедно се определуваат претседатели на одделите и судиите кои го заменуваат претседателот во негово отсуство.
Со одредбата од член 29 на Законот за судовите, Апелациониот суд Скопје се основа за подрачјата на основните судови во Велес, Гевгелија, Кавадарци, Кратово, Крива Паланка, Куманово, Неготино, Основен граѓански суд - Скопје и Основен кривичен суд - Скопје.
Постапувајќи согласно со одредбите од член 88 ст.1 в.в. со член 97 ст.2 в.в. со став 1 од Законот за судовите в.в. со член 101 од Судскиот деловник, Апелациониот суд Скопје ја обезбедува соодветната корелација меѓу судот и медиумите, непосредно давајќи информации за постапката по конкретни судски предмети, како и за функционирањето на Судот, што се од интерес за пошироката јавност преку средствата за јавно информирање, водејќи сметка со тоа да не се наруши угледот, честа и достоинството на личноста и со тоа да не се наштети на независноста и самостојноста на Судот.
Во овој сегмент особено се води сметка обезбедените информации за медиумите да бидат строго проверени, без дискриминаторска основа на секој заинтересиран медиум, согласно со принципот 3 кој претставува прилог на Препораката (2003) 13 на Комитетот на министри при Советот на Европа за обезбедување информации преку медиумите.
На таков начин Судот овозможува висок степен на отвореност кон медиумите преку креирање разновидни модели на меѓусебна соработка, а со цел да биде почитуван принципот на транспарентност во работата, јакнење на довербата во судството, олеснување на пристапот кон правдата и анимирање на јавноста во борбата против криминалот и другите форми на противправно поведение.
Апелациониот суд Скопје остварува редовна соработка со подрачните основни судови од своето подрачје, а во врска со тековни прашања и проблеми кои произлегуваат во текот на работењето, а таа соработка се одвива со непосреден контакт при стручните надзори на основните судови, преку писмен пат доставени прашања за определени проблеми, за кои прашања и проблеми Апелациониот суд Скопје дава свои мислења по писмен пат, а и непосредно при контактите што се одржуваат за време на стручните надзори и контактите и средбите меѓу Апелациониот суд Скопје и основни судови од негово подрачје.
Апелациониот суд Скопје остварува перманентна соработка и со другите апелациони судови и Врховниот суд на РСМ, а на работните средби на апелационите судови, зема активно учество во расправањето на актуелните прашања и креирањето на заедничката и усогласена правна практика за сите правни области од надлежноста на судовите во Република Северна Македонија.
Одделот за судска практика, на експлицитен начин ја презентира актуелната правна практика и заземените правни ставови и заклучоци по усогласените правни прашања и низ срочените сентенции, јасно ја изразува логиката на донесените одлуки, кои едукативно делуваат на помладите судии и стручни соработници.
Во Апелациониот суд Скопје функкционира библиотека како специјализирана библиотека наменета за работа со материја од правната област која се грижи за прибирање, обработка, чување, архивирање, евидентирање и користење на книжниот фонд согласно со Законот за култура и со Законот за библиотечна дејност, под стручен надзор од Народната и универзитетска библиотека “Св.Климент Охридски”–Скопје, формирана во 1973 година, со континуиран подем до денес низ период од 3 децении, придонесува за квалитетно и професионално извршување на работните задачи од страна на нејзините корисници, достигнувајќи ниво на библиотека со најбогат книжен фонд од стручна литература во судството на Р Македонија. Како таква е запишана во евиденцијата за специјализирани библиотеки на УНЕСКО и Советот на Европа.
Книжниот фонд на библиотеката на Судот, заклучно со 31.12.2019 година опфаќа 10.575 примероци, кој постојано се збогатува со купување нови изданија, подарување и размена. Во оваа бројка не се опфатени стручните часописи, белетристиката и другите публикации кои спаѓаат во периодика.
Фондот на библиотеката содржи и збирки на одлуки и решенија на Уставниот суд на РСМ, Врховниот суд на РСМ, Јавното обвинителство на РСМ, како и билтени на Врховниот суд на РСМ и Апелациониот суд Скопје; општи енциклопедиски изданија и енциклопедиски изданија од правната и медицинската област, правни лексикони, лексикони од областа на медицината, криминологијата, маркетингот и друго; речници; белетристика со приближно 400 наслови, стручни часописи од областа на правото (Легис, Правник, Даночен советник, Информатор, Деловно право, Македонска ревија за кривично право и криминологија, Адвокатура, Судиска ревија, Безбедност и др.) и дневни и неделни публикации.
Апелациониот суд Скопје, исто така активно учествува во подготовката на новите законски прописи кои се подготвуваат од страна на Министерството за правда во рамките на Програмата за работа на Владата на Република Северна Македонија.