Организацијата на работата на Апелациониот суд Штип е уредена согласно со Законот за судовите и Судскиот деловник. Законот за судовите поблиску ја определува надлежноста на апелационите судови, а со тоа и на Апелациониот суд Штип и поконкретно со член 33 е предвидено дека апелационите судови се надлежни да решаваат по жалбите против одлуките на основните судови од своето подрачје, да решаваат за судир на надлежност меѓу судовите од прв степен од своето подрачје и да вршат други работи определени со закон.
Работата од својата надлежност утврдена со Уставот и законите, Апелациониот суд Штип ја извршува преку совети од три и пет судии. Расправите во граѓанските спорови, како и во кривичните предмети се судат во совет составен од двајца судии и тројца судии поротници, а во постапките по предметите за деца советот е составен од еден судија и двајца судии поротници. Согласно со Судскиот деловник објавен во (Сл.в. на РМ бр.66/13 од 9 мај 2013 и Сл.в. на РМ бр.114/14 од 31.07.2014 година) со чии одредби поблиску е уредена внатрешната организација на судот, начинот на работење, водењето на уписниците и другите книги, постапувањето со списите, обрасците, претставките и други прашања од значење за работата на судовите. Во Апелациониот суд Штип функционираат три судски оддели, односно кривичен оддел, граѓански оддел и оддел за судска пракса.
Во кривичниот оддел на судот, согласно со Распоредот за работа на судските совети за 2016 година, функционираат два кривични совети, кои постапуваат по кривични предмети.
Во граѓанскиот оддел на судот функционираат три совети, кои постапуваат по граѓански, работни и трговски спорови. Согласно со одредбите на член 3 и 92 став 2 од Законот за судовите на седница на судиите на Апелациониот суд Штип се утврдува Програма за работа на Апелациониот суд Штип за тековната година. Согласно со одредбите на член 3, член 88 став 3, член 92 став 2 од Законот за судовите, како и член 112 од Судскиот деловник Претседателот на Судот по претходно прибавено мислење од седницата на судиите на судот утврдува распоред за работа на судот - на судиите по оддели и совети, а воедно се определуваат претседатели на одделите и на советите како и судија кои го заменуваат претседателот во негово отсуство. Постапувајќи согласно со одредбите од член 88 ст.1 в.в. со член 97 ст.2 в.в. со став 1 од Законот за судовите в.в. со член 101 од Судскиот деловник, Апелациониот суд Штип ја обезбедува соодветната корелација меѓу судот и медиумите, непосредно давајќи информации за постапката по конкретни судски предмети, како и за функционирањето на Судот, што се од интерес за пошироката јавност преку средствата за јавно информирање, водејќи сметка со тоа да не се наруши угледот, честа и достоинството на личноста и со тоа да не се наштети на независноста и самостојноста на Судот. Во овој сегмент особено се води сметка обезбедените информации за медиумите да бидат строго проверени, без дискриминаторска основа на секој заинтересиран медиум, согласно со принципот 3 кој претставува прилог на Препораката (2003) 13 на Комитетот на министри при Советот на Европа за обезбедување информации преку медиумите. На таков начин Судот овозможува висок степен на отвореност кон медиумите преку креирање разновидни модели на меѓусебна соработка, а со цел да биде почитуван принципот на транспарентност во работата, јакнење на довербата во судството, олеснување на пристапот кон правдата и анимирање на јавноста во борбата против криминалот и другите форми на противправно поведение. Апелациониот суд Штип остварува редовна соработка со основните судови од своето подрачје, а во врска со тековни прашања и проблеми кои произлегуваат во текот на работењето, при што таа соработка се одвива со непосреден контакт со стручните надзори на основните судови. Апелациониот суд Штип остварува перманентна соработка и со другите апелациони судови и Врховниот суд на РМ, а на работните средби на апелационите судови, зема активно учество во расправањето на актуелните прашања и креирањето на заедничката и усогласена правна практика за сите правни области од надлежноста на судовите во Република Северна Македонија. Одделот за судска пракса, на експлицитен начин ја презентира актуелната правна практика и заземените правни ставови и заклучоци по усогласените правни прашања и низ срочените сентенции, јасно ја изразува логиката на донесените одлуки, кои едукативно делуваат на помладите судии и стручни соработници. Во Апелациониот суд Штип функкционира библиотека како специјализирана библиотека наменета за работа со материја од правната област која се грижи за прибирање, обработка, чување, архивирање, евидентирање и користење на книжниот фонд согласно со Законот за култура и со Законот за библиотечна дејност.