Основниот суд Скопје II Скопје е основан со Повелба на Президиумот на АСНОМ за устројство на редовните судови во Македонија од 31.03.1945 година. Оваа Повелба претставува прв законодавен акт на АСНОМ како прв законодавен орган создаден во текот на Народноослободителната борба, со кој се утврдило постоењето на вкупно 25 општински судови, три обласни суда и Врховниот суд на Македонија.
Претходно, формирањето на првите редовни граѓански судови во Македонија започнало со Одлука на второто заседание на АСНОМ од 2 август 1944 година. Со оваа одлука се формирале судски органи, поверенство за судство и судски оддели при народноослободителните одбори. На 20 октомври 1944 година било донесено решение на президиумот на АСНОМ со кое било предвидено до целосното уредување на правосудството во Македонија, судењата да се вршат во рамките на народноослободителните одбори. Секој од судските оддели бил составен од прочелници, секретар и неопходен персонал. Судењата ги спроведувал совет од пет члена избрани од територијата на округот. По правило, секретарот на секој судски одбор бил правник, именуван од Президиумот на АСНОМ.
Основниот суд Скопје II Скопје како Општински суд Скопје II Скопје, продолжил да функционира и врз основа на Уставот на СФРЈ од 1963 година и Законот за подрачјата на општинските и окружните судови од општа надлежност во СР Македонија од 1965 година. Со уставните реформи од 1974 година, Општинскиот суд Скопје II Скопје продолжил да функционира како редовен суд во согласност со Законот за редовни судови и тоа за подрачјето на општините Гази Баба, Кисела Вода и Чаир.
Во 1990 година во надлежност на Општинскиот суд Скопје II Скопје преминаа и предметите на Судот за здружен труд, кој се расформирал. Предметите од овој расформиран суд преминаа во надлежност на Општинскиот суд Скопје II Скопје, односно Општинскиот суд Скопје I Скопје, соодветно со месната надлежност за постапување по работните спорови.
Општинскиот суд Скопје II Скопје продолжил да функционира како Основен суд Скопје II Скопје во 1996 година во согласност со Законот за судови од 1995 година („Службен весник на РМ“ бр.36/95). Според овој закон судот е надлежен за подрачјето на општините Кисела Вода, Чаир и Гази Баба.. Во 1996 година во надлежност на Основниот суд Скопје II Скопје преминуваат и предметите на поранешниот Окружен стопански суд Скопје кој бил укинат, а кои се однесувале на споровите во стопанската област, стечајните и извршните постапки, соодветно на месната надлежност за овие спорови. Во оваа година во надлежност на овој суд преминале и прекршочните предмети, соодветно на месната надлежност, а по кои дотогаш постапувал Судот за прекршоци.
Во почетокот, односно од 1956 година судот бил сместен во бараки спроти хотел „Континентал“ во Скопје, а потоа бил сместен во бараки во Општина Бутел на ул.„Босна и Херцеговина“ бб Скопје. На 01.07.1998 година судот започна да функционира на сегашната локација, освен одделите за стечај и стопански спорови, кои останаа во бараките во Општина Бутел се до 09.04.2002 година, како и одделот за прекршоци кој остана во бараките во Градскиот парк.
Во согласност со новиот Закон за судови („Службен весник на РМ“ бр.58/06 од 11.05.2006 година), Основниот суд Скопје II Скопје е граѓански суд со основна и проширена надлежност за подрачјето на Град Скопје, а целосно започна да функционира во оваа смисла од април 2007 година.