Работата на Основниот суд Свети Николе се одвива преку двата оддели, со соодветните одделенија и служби, и тоа:

1. Кривичен оддел, со следниве писарници:

• Кривична писарница (полнолетни);
• Прекршочна писарница;        
• Писарница за извршување на кривични санкции;
• Писарница за извршување на прекршочни санкции, и
• Писарница за казнена евиденција.

2. Граѓански оддел, со следниве одделенија: 

• Парнична писарница, и 
• Вонпарнична и оставинска  писарница.
• Приемна писарница (прием на поднесоци, писмена и др. за двата оддели, односно судот во целина).

Работите на Судската управа се извршуваат во следниве одделенија и служби:

• Одделение за финансиско  и материјално работење;
• Одделение за информатика;
• Доставна служба;
• Архива;
• Oдржување, и
• Судска полиција.